Die alternativen Heilmethoden unterliegen der regelmäßigen Diskussion über ihren Nutzen und ihre Wirksamkeit, weil der wissenschaftliche Beleg dafür nicht oder nur teilweise erbracht ist. Kritiker bemängeln dabei nicht nur die Wirksamkeit, sondern auch die Gefahr der Falschbehandlung, da ein großer Teil der Alternativen Heilmethoden nicht über die alleinige Durchführung eines akademischen Heilberufes ausgeübt wird. Während Heilpraktiker ihre Grenzen im Rahmen ihrer Ausbildung kennenlernen, sind Behandlungen von Laien häufig geradezu als gefährlich einzustufen, da sie weder mit Wechsel- noch mit Nebenwirkungen der Behandlungen vertraut sind.
Darüber hinaus ist in einer Gesellschaft, in der die Trends weg von der Chemie, hin zur natürlichen Behandlung deutlich zunimmt, die Gefahr sehr groß, die Alternativen Heilmethoden wegen ihrer "Natürlichkeit" als "harmlos" einzustufen, was beispielsweise im Bereich der Phytotherapie (Pflanzenheilkunde) zu großen Problemen führen kann. Schließlich werden nicht umsonst viele pharmazeutische Produkte aus den Wirkstoffen der Heilpflanzen gewonnen, jedoch ohne die häufig risikobelasteten sekundären Pflanzenwirkstoffe ebenfalls zu verabreichen.