Der ökologische Anbau ist mit vielen Auflagen verbunden, deren Einhaltung zum Schutze des Verbrauchers überwacht werden muss. Um dabei ein Überwachungsinstrument an der Hand zu haben, sieht die EG-Öko-Verordnung regelmäßige Kontrollen vor Ort vor. Dabei wird die gesamte Produktionskette, die Bio-Lebensmittel auf ihrem Weg zum Endverbraucher durchlaufen, kontrolliert. Die Anlaufstellen sind hier die Hersteller, die Verarbeiter sowie die Händler.
Öko-Bauern bekommen dabei mindestens einmal im Jahr einen angekündigten Besuch von einem Kontrolleur. Hinzu kommen unter Umständen unangekündigte Kontrollen, die gewährleisten sollen, dass zum Beispiel berechtigten Verdachtsfällen nachgegangen werden kann. Die Kontrolleure werden dabei von privaten Kontrollstellen, die von den Verbänden oder der EU zertifiziert sein müssen und die von den Bundesländern überwacht werden, gestellt. Sie sind befugt, bei jeder Kontrolle Proben der angebauten Lebensmittel oder des Bodens zu nehmen, um im Labor genauere Untersuchungen vornehmen zu können. Sollten dabei Verunreinigungen oder Belastungen festgestellt werden, welche den Auflagen der EG-Öko-Verordnung widersprechen, werden Konsequenzen gezogen: Entweder darf die jeweilige Ernte nicht dem Markt zugeführt werden oder aber der gesamte Betrieb wird für die Herstellung von Bio-Lebensmitteln gesperrt. Nur auf diese Weise ist es möglich, den berechtigt hohen Standard, der an Bio-Lebensmittel gestellt wird, zu wahren und die Verbraucher weitestgehend vor großflächigen Etikettenschwindel zu schützen.