Bio-Lebensmittel kann man grundsätzlich in zwei Gruppen einteilen - in unverarbeitete und verarbeitete Lebensmittel. In die erste Gruppe fallen Produkte, die unverändert vom Erzeuger gekauft werden - also Milch, Eier, Obst, Gemüse usw. In der zweiten Gruppe findet man alle Lebensmittel, die auf Basis dieser ökologisch angebauten und erzeugten primären Lebensmittel hergestellt wurden. Zu ihnen zählen beispielsweise Brotaufstriche, Kekse, Getränke und vieles mehr.
Gerade die Gruppe der verarbeiteten Bio-Lebensmittel ist allerdings problematisch: Kann man bei den unverarbeiteten noch relativ leicht nachvollziehen, unter welchen Umständen sie angebaut oder erzeugt wurden, ist die Transparenz bei den verarbeiteten Lebensmitteln geringer - hier dürfen nämlich entgegen der weit verbreiteten Überzeugung auch gewisse Zusatzstoffe Verwendung finden, die mit Naturbelassenheit wenig zu tun haben oder deren Auswirkung auf die Gesundheit des Menschen umstritten sind. So dürfen bei der Herstellung verarbeiteter Bio-Lebensmittel zum Beispiel natürliche Aromastoffe verwendet werden, die zwar unbedenklich sind, allerdings den natürlichen Geschmack des Produkts verändern.