Als ein Manko von Bio-Lebensmittel wird von Verbrauchern in erster Linie der höhere Preis wahrgenommen. Steht man im Supermarkt und hat die Wahl zwischen einer ökologisch angebauten Gurke und einer konventionell angebauten, entscheidet man sich nicht selten aufgrund recht erheblichen Preisunterschiedes für das konventionelle Produkt. Die Preisunterschiede werden dabei primär dadurch erzeugt, dass der Anbau und die Verarbeitung von Bio-Lebensmittel in vieler Hinsicht aufwendiger und mit höheren Kosten verbunden sind als von konventionellen Lebensmitteln. Bio-Produzenten sehen sich dabei nicht selten einem ungleichen Wettbewerb ausgesetzt: Sie müssen die höheren Kosten für Produktion, Lagerung, Verarbeitung in Kauf nehmen, während die konventionelle Landwirtschaft nicht die Kosten für die ökologischen Schäden, die sie zu verantworten hat, tragen muss.
Ein weiteres Manko des ökologischen Landbaus ist, dass er sich nicht so zuverlässig vor Qualitätsschwankungen und auch vor Schädlingsbefall schützen kann wie es der konventionellen Landwirtschaft möglich ist. Wer auf Pflanzenschutzmittel und Gentechnologie verzichtet, muss primär auf das zurückgreifen, was die Natur bietet. Die Verbraucher wissen im Allgemeinen allerdings die Vorteile, die mit diesen Anbaumethoden verbunden sind zu schätzen, sodass auch eine kleine Made im Salatkopf hingenommen werden kann.