Die Vorteile von Bio-Lebensmitteln bestehen hauptsächlich hinsichtlich des weitgehenden Fehlens von Zusatzstoffen und Rückständen. Hier kann der Verbraucher sicher sein, dass er weniger gesundheitlichschädliche Stoffe zu sich nimmt als bei konventionell angebauten und verarbeiteten Lebensmitteln.
Was allerdings den Nährstoffgehalt an sich betrifft, gibt es bisher keinen eindeutigen Beleg dafür, dass alle ökologisch hergestellten Lebensmittel in allen Fällen stets besser abschneiden als konventionell Erzeugte. Ein Plus an Nährstoffen kann man allerdings primär bei biologisch angebautem Gemüse und Obst erwarten. Dieses zeigen auch die Ergebnisse des Projekts "Quality Low Input Food" der EU. Hier wurde innerhalb einer Studie festgestellt, dass in erster Linie Gemüse, Obst und Frischmilch - also alles unverarbeitete Bio-Lebensmittel - einen höheren Nährstoffgehalt aufweisen als die entsprechenden Produkte aus dem konventionellen Anbau. Zu beachten bleibt allerdings: Auch der Nährstoffgehalt von Bio-Lebensmittel verringert sich, je weiter der Transportweg ist, der bis zum Endverbraucher überwunden werden muss und auch die Lagerung hat Einfluss darauf, ob das, was wir in den Märkten kaufen, gesund ist. Wenn man sich gesund ernähren möchte, ist es daher wichtig, auch bei Bio-Produkten auf die Herkunft zu achten. Hier sind regionale Produkte und saisonale Lebensmittel eindeutig vorzuziehen. Strittig, da noch nicht verlässlich bewiesen ist bisher, ob der Verzehr von Bio-Lebensmitteln tatsächlich vor Krankheiten schützen kann.