Eine generelle Herausforderung für den ökologischen Landbau besteht darin, dass sich gentechnisch manipulierte Zusatzstoffe sowie genetisch manipuliertes Saatgut immer mehr verbreiten. Dadurch ist es kaum noch möglich, Kontaminationen verlässlich zu vermeiden. 100prozentig reine Bio-Lebensmittel wird es unter Umständen schon bald gar nicht mehr geben. Diesem Sachverhalt trägt auch die neue EG-Bio-Verordnung Rechnung, indem sie festhält, dass auch solche Zusatzstoffe verwendet werden dürfen, die mithilfe von Gentechnik entwickelt wurden, wenn der Markt keine natürlich hergestellten Zusatzstoffe mehr bietet. Verunreinigungen bis zu einer Schwelle von 0,9 Prozent müssen nicht auf den Etiketten der Bio-Lebensmittel ausgewiesen werden. Gegen diese Verunreinigungen sind die Öko-Landwirte weitestgehend machtlos.
Eine weitere Herausforderung besteht in der Befriedigung der gestiegenen Nachfrage nach Bio-Lebensmitteln. Oftmals werden von verschiedenen Stellen Befürchtungen geäußert, dass der Bedarf an ökologisch angebauten und verarbeiteten Lebensmitteln von der deutschen Landwirtschaft nicht gedeckt werden kann. Schließlich bedarf es angesichts der strengen Verordnungen einige Zeit, bis die Umstellung eines konventionellen Betriebes auf den ökologischen Anbau vollzogen ist. Das macht bereits heute Importe notwendig, die allerdings insgesamt betrachtet die Ökobilanz der Produkte verschlechtern, da bei weiten Transportwegen auch hohe CO2-Belastungen entstehen.