Die Diagnose von Lebensmittelallergien und Pseudoallergie ist oftmals eine langwierige Angelegenheit. Die Schwierigkeit für den Arzt besteht darin, aus der großen Anzahl potenzieller Allergieauslöser die tatsächlich vorhandenen im Einzelfall herauszufiltern. Dazu braucht es die Mithilfe des Patienten: Das Führen eines Ernährungstagebuchs kann das Ermitteln von möglichen schädlichen Lebensmitteln sehr unterstützen. Je größer die allergischen Reaktionen sind, desto schneller lassen sich die betreffenden Stoffe lokalisieren. Manchmal braucht es aber etwas Geduld bei der Selbstbeobachtung, bis sich die Allergie bestimmen lässt. Bei Kleinkindern und Jugendlichen, die ebenfalls zur Risikogruppe der Patienten gehören, braucht es eine erhöhte Aufmerksamkeit, um eine Lebensmittelallergie auszumachen.
Der Arzt kann Lebensmittelallergien mit einer Reihe von Untersuchungsmethoden nachweisen. Der Bekannteste davon ist der Hauttest (Pricktest). Dabei werden die wichtigsten bekannten allergieauslösenden Stoffe in abgeschwächter Dosis leicht in die Hautoberfläche eingeritzt. Tritt eine Rötung der Prickstelle auf, dann besteht eine allergische Reaktion auf den Stoff. Eine Lebensmittelallergie kann auch durch die Messung des Methylhistamingehalts gemessen werden.